ככל ניתוח קוסמטי, גם ניתוח אף אינו נטול סיכונים לחלוטין. מרבית תופעות הלוואי נעלמות בדרך כלל כעבור שבועות מספר לאחר הניתוח, למעט מקרים יוצאי דופן, בהם נדרשת התערבות כירורגית נוספת. את תופעות הלוואי ניתן לחלק לשני סוגים: תופעות לוואי אסטטיות הגורמות לחוסר שביעות רצון מתוצאותיו של ניתוח אף מבחינת המראה, וכן תופעות לוואי תפקודיות. תופעות הלוואי הבריאותיות/תפקודיות המוכרות הן התגברות נזלת; דימומים מהאף; איבוד תחושה זמני באיזור האף; הרגשה של קושי או הכבדה על הנשימה; נפיחות והמטומות (דימום תת עורי). תופעת לוואי מהסוג האסטטי הן אסימטריה (שהינה תוצאה בלתי רצויה לחלוטין המחייבת לעתים התערבות כירורגית משלימה), פיגמנטציה בעור סביב האף או סביב העיניים. חלק מהתופעות הינן מוכרות ובהן דימומים ונפיחות בעוד שתופעות אחרות הינן פחות שכיחות. מרבית התופעות נעלמות כאמור לאחר זמן שאינו ארוך. הנחת קרח על איזור הניתוח עשוי להקל ולצמצם את משך ההחלמה.